正如日本知名学者横山宏章所评价的，《拉贝日记》是关于南京大屠杀的“超级资料”。它是一部关于南京大屠杀的逐日编年史和百科全书。
抗战全面爆发时的德国，是中、日两国的共同朋友，一方面，它是日本的全球战略伙伴，另一方面，它与国民政府在政治、经济、军事等方面密切合作。德国的此种角色，是拉贝被南京西方人士推举为安全区主席的重要背景。
当然，出任这样一个难度极大的职位，与拉贝本人在中国生活近30年、对中国人民充满感情有关。南京沦陷前，拉贝有很多机会离开南京，但他扪心自问，结论明确：他舍不得那些满怀信任、指望得到他庇护的最贫穷、最无靠的南京人。
拉贝卓越的领导、组织能力，使他在日军残暴的肆虐下，能够维持安全区最基本的运转。安全区虽然充斥暴力与犯罪，但所有人都承认，如果没有拉贝，情况将会更糟。所以，尽管安全区中每天只能喝稀饭，还有日军带来的恐怖，但中国难民一直不愿意离开。而当拉贝准备回国时，3000名妇孺哭喊着挽留他们的“菩萨”。拉贝在南京国际安全区的经历，使他超越了作为一个汉堡商人平淡无奇的生涯，在中国现代史上留下了不能抹煞的一页。
《拉贝日记》的内容十分丰富，其核心价值在于它证明南京大屠杀是客观的存在。尽管也有少数日本右翼“检证”过日记的历史效力，但他们的努力反而反证出自己的狡赖与仓皇。其故焉在？拉贝是一个商人，但他在当时就清楚地意识到：南京大屠杀必将载入史册。所以，他以历史学家的严谨，进行了日军暴行的记录工作。他所记录的大量日军暴行，有详细的时间、地点、情节和证人、证据，这些要素，与这些年发现的各种中、外资料互相映证，并无可疑之处。通过《拉贝日记》，我们可以在头脑中清晰地勾勒出一幅人间地狱的惨境。
日军对中国平民和放下武器的军人生命的剥夺，是拉贝十分关注的。在他的记载中，大量平民毫无原因地被日军杀害，每一个日军士兵都成了中国人生命的主宰。成百上百的人被认为当过兵而在拉贝眼皮底下被处决。杀人情节难以用笔墨形容，比如为了“节约”媒油，日军将中国人烧得半焦后甩入池塘；为了不让外国人听到枪声，日军宁可用刺刀屠杀中国人，用机枪扫射成为“人道”的处决方式。透过《拉贝日记》，我们看到，日本军方和外交人士当时就得知南京发生的惨案，吉田茂在伦敦时，欧洲各国对此议论纷纷，他虽为日军过去的 “严明军纪”进行辩护，却也对在南京出现这么杀人案件而表示“遗憾”，这种变相的承认，使人联想到著名的“广田电报”所提到的屠杀30万中国人的恐怖数字。日军还企图对屠杀进行掩盖，当时在南京的西方人士均被告知不得说对日军不利的话，拉贝临去上海时，日本在南京的外交官也反复告诫、“引导”。但拉贝敏感地注意到上海日军控制下的《新申报》关于日军消灭六七万国民党军的报道，这和红万字会的埋尸报告一起，使他意识到日军在安全区的暴行，只是其中的一小部分。
日军对中国妇女的性暴行，是拉贝日记记录的重点。那些使人无法卒读的文字，把一个兽性集团的真面目暴露于世。通过日记，我们得知日军仅在拉贝工作的安全区及其附近，就进行了20000多起性暴力犯罪。上至70多岁的老妇，下至几岁的儿童，均是他们施虐的对象。而情节之恶劣，超出任何想像。安全区官员的眷属被强暴，日军同时强迫男人们站立在旁；警察的太太每天被强暴40余次，数十天后终因阴道大面积溃烂而被日军丢弃；产妇、孕妇，乃致鼓楼医院每天从事救助工作的护士也被强暴；强暴无时无地，大白天，在校园中，当着上万难民的面，不断发生；日军的强暴造成不少怀孕的情况，受害者及其父母因此承受了极大的苦难。尤可恨者，前来南京“维护秩序”的日本大使馆的警官也以要人洗衣服为名，在难民中挑选年轻漂亮的女性。大量的女性被日军蹂躏后惨遭杀害，日军甚至用高尔夫球棒、酒瓶、竹竿等器物对女尸施虐。
抢劫和伴随而来的纵火，在《拉贝日记》中记述甚详。除交通部和郊区一些地方系国民党军为焦土抗战、扫清射界而主动焚烧外，市区绝大部分地区为日军有组织、有计划的行动使然。日军还大量扣留安全区获得的粮食。日军对南京经济的彻底破坏，使西方人士大惑不解??他们认为中国市民本来是最好的消费者；同时，使经历了屠杀的南京市民承受了巨大的生活上的痛苦。南京大屠杀，使本为中国首善之区的现代化进程遭到彻底破坏。
《拉贝日记》展现了一批西方人士对中国人民的深刻同情与人道主义精神，也展现了中国人的善良和不屈不挠的生存意志，更有一些勇敢、正直，具有抗争精神的中国人得到了拉贝的特别尊敬。但是，就像拉贝说的，如果所有的强奸案都受到致命的报复，那么很大一部分占领军早就被消灭了，拉贝哀中国人之不幸，痛中国人之不争。中国国民性中的一些负面的东西，在日记中暴露无遗：有些人在日军面前十分猥琐，抢救济粥时却似霸王；拉贝家的小院子里，在争抢拉贝向每个孩子发的2角“压岁钱”时，差点出人命；随地吐痰、咳嗽……。更有甚者，有人因为过去的矛盾，竟向日军举报对手是警察，致其被捕，还有人为日军找“花姑娘”以表功。当我们看到西方人士在日军面前正气凛然，日军一见德国人士就落荒窜逃时，我们不能不深思日军极端轻视中国人生命尊严的深层原因。
日记中还透露了一些特别的信息。比如，当时有犹太人在南京开车，但德国大使馆并不认为他们是真正的德国人，而不情愿让他们悬挂德国国旗，拉贝也没有对他们表示特别的关注。拉贝和德国在南京的外交、商务人士对希特勒十分崇拜，这当中，确实有不明就里的因素，但希特勒带来的德国国势的扩张，也是拉贝十分自豪的原因，他在日记多次表达日军更尊重德国国旗而不是美国国旗的自豪……凡此种种，说明历史中的人是多侧面的，他们受到时代的制约。全面地展现拉贝先生的面貌，是我们对这位伟大的德国朋友更好的纪念。