平房细菌工厂的建设，经过充分准备，于一九三六年开始动工，一九三八年背荫河细菌工厂的部分设备搬迁到平房，到一九三九年平房细菌工厂基本上完成了总体建设，并进行了部分生产。一九四零年全面投产。
　　日本关东军第七三一部队--平房细菌工厂拥有雄厚的细菌生产设备。有孵育器四千五百具；有容量一吨的制造培养液的锅炉四个和容量两吨的制造培养液锅炉两个；有培养器一千八百具；营养液消毒器三十具（消毒器的规格长三米，直径一米五，每具可容纳石井式培养器三十个到六十个）；有整温器五具（每具可装六百二十个培养器）；有培养液冷却室两个（每室可容纳一百个培养器）；还有保存产品的特种冷藏室。
　　这个细菌工厂每一个生产周期就可生产三百亿具有中等繁殖能力和微生物。由于细菌产量大，只好用公分来计算细菌团的体积，或者用公斤计算细菌的重量了。据原七三一部队队员的测算，这个细菌工厂每月可生产鼠疫菌三百公斤，或者生产炭疽菌五百到七百公斤，或者生产伤寒菌八九百公斤，或者生产霍乱菌一千公斤。
　　在一九四零年德国法西斯进攻苏联之前，日本 军国主义为了适应侵略战争的需要，日本天皇摄政裕仁发布了一个敕令，要求在进攻苏联的各个战略位置上建立细菌生产基地。在这个敕令下，分别在孙吴、海拉尔、海林、林日建立了四个支队。日本陆军省和日军参谋本部对这些支队的建立时间、驻扎地点以及规模都作了具体规定。战后，我们缴获的曾任陆军相东条英机签字的敕令附件的人员表中，规定了每个支队人员为三百人。同年下半年各支队建立后，东条英机责成日本军医院和七三一部队部要抽出定额的医生、专家和士官派往各支队，并允许个支队接纳雇员，但规定雇员的数量不得超过各支队总人数的百分之三十。
　　一九四一年六月二十二日以后，石井四郎被招回日本，接受日军参谋本部的紧急指示。他从东京飞回平房后，立即召开本部各部长会议，传达了日军参谋总长关于加紧准备细菌战争的训令。石井四郎在这次会议上说："一切扩大细菌武器生产的办法之所以必须施行，是因国国际形势已发生变化，德对苏战争已开始，以及因为关东军已实施反苏军事措施准备的‘关特演’计划（即一九四一年夏季关东军计划进攻苏联的特别演习），所以我们的军队应当充分具有足够的细菌武器，以便在必要时去反对苏联。"

日军参谋总长的训令还要求七三一部队在短期内要完成培殖三百公斤跳蚤的任务。

　　大这次会议上，第二部部长太田大佐和器材供应部部长太谷少将感到压力很大。因为随着细菌产量加大，媒介物的生产也要相应增加，然而媒介物远远满足不了需要。因此，他建议设法在中国找到白鼠来代替日本白鼠。他俩的意见得到了采纳。从此以后，七三一部队更加繁忙了，昼夜开动机器，使各种细菌立量累累增加。随着细菌产量的上升，本部相各支队培殖老鼠、跳蚤等到媒介物和计划也随之加码。尽管这样，还感到媒介物不足，于是在本部和各支队附近，向中国老百姓摊派上缴黄鼠的任务。据正黄旗二屯、后二道沟通的老户证实，每年每户居民必须上缴五只黄鼠。为了完成摊派的上缴黄鼠的任务，不少居民必须到十里以外的地方挖捉黄鼠。把这些黄鼠先交给村公所，然后由村公所直接转交给七三一部队。
　　与此同时，杨马架子瓷弹壳厂抓紧生产“石井式”细菌炸弹。这种“石井式”细菌炸弹是瓷弹壳，爆破后产生的温度较低，细菌成活率可达百分之七十以上，改变了过去铁弹壳爆破后产生高温，细菌成活率低的缺点。这种“石井式”细菌炸弹有两种规格：一种是直径为六厘米、重量为两公斤，爆破后飞散有效杀伤半径为十五到三十米；另一种是直径为八厘米、重量为四公斤，爆破后有效杀伤半径为五十米到一百米。
　　为了提高细菌武器的生产能力和进行必要的战略疏散，七三一部队对各支队补充了必要设备。据原细菌生产部科长唐泽富雄在军事法庭上供认：“一九四四年上半年，七三一部队的设备颇大一部分分散到各支队去了。”
　　由天以苏联为主的反法西斯战争取得了伟大的胜利，日本军国主义感到处境更为不利，于是于一九四五年三月，日本军参谋本部又把石井郎中将调回七三一部队，要他执行增加细菌生产的训令。这时，石井四郎提出要挟条件，日本关东军司令山田乙三不得不满足石井的要求，亲自批准又给七三一部队增加一些专家和设备。石井把这些专家和设备拨给了各支队。在这期间，仅孙吴的六七三支队就有数十人专门培植跳蚤繁殖啮齿动物。海拉尔的五四三支队在一个在一个夏季说豢养老鼠一万三千多只。据在林口一六二支队当过劳工的张清林证实，一九四五年春夏季，支队向七三一部队本部上缴老鼠的任务越来越紧了，每天把老鼠用马车送到古城镇车站，每车装二十个笼子，每个笼子装二三十只老鼠，先后两次往哈尔浓运送老鼠四千多只。