日本关东军第七三一部队，是日本军国主义准备细菌战的特种部队，在战略上占有重要地位。日本军人所谓的“小小的哈尔滨，大大的平房”，在某种意义上正说明了这一点。就其规模来说，实属世界上最大的细菌工厂。就其地位来说，它归属日本陆军省、日军参谋本部和日本关东军司令部双重领导。人事配备是很强的。拥有从事细菌战研究工作人员二千六百余人，其中将级军官五名，佐级军官三十余名，尉级军官三百余名。从一九三六年到一九四二年七月由石井四郎中将为部队长，一九四二年八月到一九四五年二月北野政次少将接任部队长，一九四五年三月到同年八月石井四郎又重任部队长。它的直属各个部以及各个支队都配备佐级军官负责，对一些重要部门都配备了少将级军官负责。

日本 关东军第七三一部队下设八个部：

　　第一部（细菌研究），菊地少将为部长。下属有专门从事鼠疫研究的“高桥班”，从事研究的“笠原班”，从事细菌媒介--昆虫研究的“田中班”，从事冻伤研究的“吉村班“，从事赤痢研究的“江岛班”，从事脾脱疽研究的“太田班”，从事霍乱研究的“凑班”，从事病理研究的“岗本班”和“石川班”，从事血清研究的”内海班“，从事药理研究的“草味班”，从事立克次氏体（包括跳蚤）研究的“野口班”。
　　第二部（细菌试验），由太田大佐兼任部长。这个部下设一个分部，专门培育和繁殖供散布鼠疫菌用的寄生虫。下属一个航空班和在安达东三十五里的鞠家窑的特别试验场。这个部的主要任务是除了用人作细菌试验之外，还通过"八木泽班"对植物进行病毒研究和试验。
　　第三部（细菌武器制造），由江口中佐任部长。这个部下属两个工厂，一个是滤水器制造厂，这是为掩人耳目而设的。另一个是在杨马架子的瓷弹壳制造厂，专门生产"石井式"细菌炸弹等细菌武器。
　　第四部（细菌生产），由川岛少将任部长。这个部下设两个分部，每一分部按照分工独立地进行各种细菌的生产。
　　总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是七三一部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
　　训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。这个部专门负责培训从事细菌研究、生产和使用细菌武器的专业人材。据资料记载，仅少年队员的培训就进行了四期。
　　资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
　　诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和日本人的疾病医疗事宜。
　　与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责“特别秘密监狱”的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。

日本关东军第七三一部队下设四个支队：

　　林口支队（又称一六二支队），设在现在的黑龙江省林口县东十里的古城镇，有日本研究人员二百二十六名，?原秀史少佐为支队长。
　　孙吴支队（又称六七三支队），拥有日本研究人员一百三十六名，西俊英中佐为支队长。
　　海拉尔支队（又称五四三支队），拥有日本研究人员二百二十六名，加藤恒则少佐为支队长。
　　牡丹江支队（又称六四三支队），设在现在的黑龙江省海林镇东十五里处，拥有日本研究人员二百名，尾上正男少佐为支队长。
　　各支队的主要任务是从事各种细菌的研究和饲养，供试验用的动物以及繁殖传染细菌的媒介物。