第100部队，名为"关东军兽疫预防部"，实际上是从事细菌战的另一座杀人工厂。该部队建于1936年，它的前身是原驻长春宽城子的号称高桥部队的"关东军马匹防疫厂"。1938年迁至长春市以南10公里之孟家屯。1941年后改为第100部队。

　　该部队拥有大量的房舍和特种设备，储存大量的原料。周围划有禁区，严格保密。该部队拥有600-800名工作人员。1940年以后在大连、海拉尔（后迁至克山）、佳木斯、拉古等地建立了所属支队。

　　第100部队干着与第731部队同样的勾当。它们专门培养和繁殖鼻疽、炭疽热和牛瘟等疫病的细菌，同时还搞植物细菌，大量生产炭疽热病苏、鼻疽病菌、红色麦锈菌等，毒害性畜和农作物。为了研制，不仅用牲畜，而且用活人进行实验。

　　原100部队工作员平樱善作于1949年12月在伯力军事法庭供称：第100部队是一支细菌部队，拥有许多细菌、化学、生物学和兽医专家学者，专门从事研究发展各式各样的病菌和强烈的毒气，同时研究使用细菌毒害人民和动物以及农作物的方法。为了研制，不仅用牲畜，而且用活人进行实验。

　　第100部队本部设有六个部，并管辖有一个实验场。第一部主要负责研究关东军各作战部队所属的马匹和所拥有的各种动物的血液，确定鼻疽、炭疽、传染性贫血等病症。第二部主要负责各种细菌、病毒的研究和制造。1943年前，该部下设五个分部。第一分部是细菌分部；第二分部是病理学分部；第三分部是实验"材料"管理分部；第四分部是有机化学分部；第五分部是植物学兼植物病理学分部。为加强细菌研究和制造，1943年10月增设了第六分部，称为细菌战研究分部。

　　当时日本对美英作战，苏德战争形势开始转为对德国不利。若松部队长曾多次说："一旦日本同苏联作战，100部队必须成为大量生产各种细菌和烈性毒药的工厂，以进行细菌战争。"因此，第100部队把主要精力放在研制细菌以及繁殖传染媒介物工作上，以构成完整、有效的细菌武器。基于这一点，成立了第六分部。

　　第三、四、五、六部，分别是制造血清疫苗部、饲养动物部、训练教育部和总务部。

　　第100部队也拥有成套的细菌生产设备。从1941年到1942年，生产的炭疽菌就有1，000公斤，鼻疽菌也达500公斤之多。

　　另外，第100部队和第731部队都大规模地生产"石井式"细菌炸弹。这种"石井式"细菌炸弹是弹壳，爆破后产生的温度较低，细菌成活率可达70%以上，克服了过去铁弹壳爆破后产生高温，细菌成活率低的缺点。这种炸弹有两种规格：一种直径为六厘米，重量为两公斤；另一种是直径为八厘米，重量为四公斤。

　　此外，日军设在南京的"荣"字第1644部队、在广州的"波"字第8604部队和北京的细菌武器研究所（又称"北支甲第1855部队），也干着与上述两个秘密细菌战部队同样的勾当。名为华中、华南、华北军防疫给水部，实为三个细菌战部队。它们专门从事培养鼠疫等疫病的细菌和繁殖细菌传染媒介物--跳蚤，也曾残酷地在活人身上进行各种细菌实验。第731部队在华中等地进行细菌战时，南京"荣"字第1644部队，不仅出动人员积极进行配合，而且提供大量跳蚤用作传染鼠疫的媒介。

　　原南京"荣"字第1644部队长佐藤于1949年12月在伯力军事法庭供认："荣"字第1644部队成立于1939年，本部下设12个支队，拥有1，500名工作人员。最初成立时，石井四郎是部队长，因忙于研究细菌战的方法，不常在南京。后由太田大佐接任。该部队拥有大量制造细菌的设备，在一个生产周期内，即能生产出10公斤细菌。