日本的生物化学战的行为明显违背国际公约而且也是难以掩盖的事实,日本投降后,美国由11位专家组成的科学技术调查团先期到达东京,调查日本在核、生物核化学武器方面的技术情况以及其他的军事情况。他的任务是专门负责调查日本生物化学武器的研究开发的问题。东京审判的初期,该问题被纳入追究的范围。他们领导的一个小组受命对日军使用毒气的情况进行调查。正如桑德斯后来也承认的,美国当时之所以如此重视日本的生物化学武器问题,并不是从日本的战争犯罪的角度考虑的,而是关注日本在这一方面的技术能力。
    当时主要调查了生化武器的问题,而且有很大的收获。特别是搞清楚了日本军队的细菌部队的基本组成,以“防疫给水”为掩护的实质,生化武器的技术水平等问题,特别是了解到日本的生化武器研究的水平是相当高的。
    美国为了要得到那些的资料,立即把石井四郎保护了起来。在1947年5月将日本军队的细菌武器研究的情报通过秘密的手段搞到手的问题,在与“司法取引”交涉时候,石井四郎提出:若能够得到免除其自己与部下战争责任的正式文件,他愿意将细菌战研究的成果全部交出去。
    关于从石井及其部下手中搞到的必要的情报问题,因为这些情报是美国从秘密渠道得到的,可以不向那些日本人承诺不将这些情报作为“战犯”的证据来使用。如果有那样危险的承诺,将来很有可能使美国处于被动局面。所以作出承诺不是好的办法。但是从安全保障的角度,(?)下不应将石井及其部下作为战犯起诉,不作承诺,像过去那样必须将那些情报一件不漏地继续抓到手。
    冷战尖锐化后,美国已经失去了追究日本战争犯罪的热情,所以在1948年11月,东京审判只进行了一次就结束了。接着,各国进行的BC级审判也结束了。另外,在1946年3月,GHQ全面禁止了对日本进行的战争犯罪的调查,所以与德国不同,对日本违背国际公约进行的细菌战与化学战的罪行并没有进行“真正的追究”而被豁免了,这是遗留的问题之一。
    侵华日军在中国遗弃的毒气弹造成的伤害事件,证明了化学武器的危害性。联合国禁止化学武器机构旨在销毁化学武器的《化学武器禁止公约》在1997年生效,现在已经有156个国家加入。其中检查人员有180多人。申报拥有化学武器的五个国家基于此条约,美国、印度已经在第一阶段销毁了拥有总量的百分之二十。化学武器拥有量占第一位达4万吨的俄罗斯也在努力进行销毁工作。东京地铁沙林毒气事件的发生表明使用自行生产的化学武器实施犯罪是令人恐惧和可能发生的。日本应该处理遗弃在中国东北的化学武器,问题的关键是具体数量到底有多少谁都不清楚。侵华日军在战败后在中国各地遗弃了大量的具有巨大杀伤力的毒气,包括芥子气、砷化合物(砒霜)等毒气弹。日本和中国在1999年就处理遗弃化学武器一事达成协定,并在主要遗弃地黑龙江省的北安市、孙吴、齐齐哈尔、哈尔滨,吉林省的哈尔巴岭、林口、牡丹江、海拉尔,(以及)南京等地进行了二十几次的调查,日本估计遗弃的化学武器大约有70万发,中国方面估计有200万发。此前,在中国各地因施工造成的突发芥子气等毒气泄漏致人死伤的事故时有发生。最近的一次时2003年8月4号齐齐哈尔市建筑施工现场因毒气泄漏造成43人被感染,其中一人因伤势过重而死亡。
    七三一部队细菌战诉讼:1940年-1942年侵华日军七三一部队等在中国浙江省和湖南省把感染鼠疫病菌的跳蚤掺入稻谷中,使用军用飞机进行播撒,造成大量无辜百姓死亡,受害者家属起诉日本政府要求作出损害赔偿并谢罪的诉讼。1997年8月第一次起诉时原告108人;1999年12月,第二次起诉时为77人。七三一部队是以研究、开发、制造细菌武器为目的的秘密机构。他们把从中国各地抓捕的爱国抗日人士集中起来,进行人体试验。
    2003年9月29日,东京地方法院一审判决日本政府向在1974年、1982年和1995年发生的遗留化学武器伤害事故受害者赔偿19000万日元。日本政府不服判决,提出了上诉。
   日本国内几年前,在日本茨城县神栖町木崎,有的当地居民出现原因不明的运动障碍疾病,这对患病的中年夫妇多次住院。具有脑瘫症状的男性是因为饮用混入砒霜的井水而使身体受到侵害,解开这个谜底却是一件偶然的事。被检出井水含有砒霜的茨城县神栖町附近,在战争即将结束期间,是日本陆军独立混成第115旅团的驻扎地。当时,预计美军会在鹿岛滩和九十九里滨登陆,为预防美军而施放了毒气。战败之际,考虑到这与国际法相违背,而就地填埋了。根据旧陆军部的资料,当时是把有机砷化合物(砒霜)装入了圆柱形的铁容器里,容器受腐蚀而渗漏出来。当时的步兵大队在六处驻扎,大约有60吨的毒气被匆匆忙忙地就地埋藏。
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