调查暂停5月7日，日本海上保安厅宣布：从5月2日正式开始的、对沉没在中国东海海域的不明身份船只进行的潜水调查结束；此次调查共打捞出两具男性船员遗体，并确认了5至6具尸体都在沉船附近，但因为“视野恶劣”不能确认船内是否有船员尸体；同时打捞出4件武器和部分弹药，武器中包括火箭发射筒和机关枪，在未打捞上来的武器中有手雷；鹿儿岛海上保安本部将会同鹿儿岛县警共同对打捞上来的“证据”进行分析，以判断该船只的确切身份。海上保安厅同时宣布，此次调查获得了能否打捞沉船的几乎所有必要信息。

　　5月8日，调查船被撤回，但海上保安厅表示本月内还将对沉船进行调查。

　　捞出“物证”

　　去年11月22日，日本海上保安厅在日本南部海域专属经济区内发现一艘不明身份船只，要求其停船检查未遂后进行了恐吓射击，最后双方发生交火，该不明身份船只沉没在中国专属经济区内。事件发生后，日本的一些政客认为该船只行为可疑，与两年前一艘朝鲜间谍船相像，日本海上保安厅击沉该船合理合法，并要求打捞沉船查明事实。鉴于该船只沉没在中国专属经济水域，根据国际海洋法，中国对该水域享有主权权益。日中双方就是否及如何打捞沉船问题进行了多次磋商。中方派出有关船只监视了日方此次潜水调查的全过程。

　　今年2月25日至3月1日，日方用水下摄像机对沉船进行了初步调查。5月1日，海上保安厅将调查母船、排水量498吨的“新洋丸”固定在沉船正上方。支援调查的还有排水量2474吨的“航洋丸”等船只。5月2日开始派潜水员下水。潜水员身着特制潜水服，可潜至水下300米。由3人操纵的潜水艇“白羊”伴随潜水员一同下潜。

　　日本媒体对这次潜水调查进行了详尽报道，某些大报甚至辟出了好几块版面。据报道，沉船位于距离日本奄美大岛390公里的中国东海海面90米以下。该海域潮流较大，海底能见度仅为2米。由于7月台风将到，日本方面对沉船的调查和打捞均需在此之前进行。

　　5月3日，海上保安厅打捞出一名船员尸体、一个类似火箭发射筒的重武器和一些子弹、弹匣。鹿儿岛第十管区海上保安厅本部警备救难部长黑木正在会见记者时声称回收了“重要证物”，但拒绝透露更多细节。媒体报道说，该重武器是原苏联用来对付战车的RPG?7型火箭发射筒。去年双方船只交战时，可疑船上有两到三人肩扛该火箭筒进行攻击，使日两艘巡逻艇受伤。4日，有报道称被打捞上来的遗体和甲板上被发现的其他船员尸体都是被绳子固定在沉船上的，海上保安厅未对此消息进行证实。此后每天都有枪支或弹药被打捞上来。另有报道说，这艘沉船有可能是贩毒集团运送毒品的走私船。

　　5月6日，海上保安厅又打捞出一具遗体。该船员遗体近170厘米，上身穿卡其布夹克衫，下身穿黑色防水裤，未穿靴子。所穿服装同3日打捞上来的船员遗体一样。

　　另有图谋

　　此次可疑船只事件，日本从一开始就坚决追击并最终击沉该船，之后执意要求打捞沉船。有舆论认为，战后日本管辖海域发生过20多起可疑船只事件，90年代以后甚至有船登陆，表明日本应当加强危机管理，此次政府的行动体现了日本对周边海域安全的关注。

　　另有专家指出，日本击沉可疑船只事件是否符合国内法律和国际法尚无定论，如此大张旗鼓地对待可疑船只其实是另有图谋，即制造“日本面临威胁”的气氛以促使“有事法制”获得通过。以前日本政府用类似方法通过了周边事态法和反恐怖特别措施法等，现在不过是故伎重演。5月7日，国土交通省一楼大厅展出了去年参与可疑船只事件的海上保安厅的一艘巡逻艇，目的是“提高职员对于严峻情势的认识，加深各位来访者对海上保安事业的理解。