日本侵略者在中国土地上进行细菌研究，并灭绝人寰地进行细菌试验和应用细菌武器，遭到了中国人民的强烈的反对。中国人民在中国共产党的领导下，对日本侵略者准备细菌战进行了顽强地反抗与斗争。
一九三三年（大同二年）八月，石井部队在东北拉滨线背荫河附近秘密建立的中马城细菌工厂，在翌年（康德元年）秋就被我党的地下工作者所炸毁。石井部队从一九三六年移驻平房以后，也常常遭到我党的地下抗日工作者的打击。当时在平房细菌工厂的外围，曾打过三次信号弹，伪平房警察所和驻平房宪兵队称之"火球事件"曾立案侦察。他们组织了"协防班"的便衣特务倾巢出动，尽管绞尽脑汁，但也一无所获。
在此期间也曾在哈尔滨到平房的途中发生过被押员的暴动事件。
地下工作者混入七三一部队内进行活动也是常有的事。有一次，我党的一名地下工作者随着货车混进七三一部队，在翻看货车上的邮件时，被在动力班大烟囱?望哨上值勤的日本判任官斋藤发现，令其日本卫兵把这个地下工作者押送到北门，按在厕所粪池里，一边往嘴里灌粪汤，一边审问。我党的地下工作者坚贞不屈，临牺牲前高呼：“中国共产党万岁！”
被抓进这个细菌工厂秘密监狱里的共产党员和爱国志士，不惧细菌试验的折磨，英勇无畏地进行着顽强的斗争。七三一部队监狱日本看守员看到过这样奇怪莫测的事：每当他们把染有细菌的饭食送进各个监号以后，被监押的人没有一个动筷去吃。事后，他们对各监狱号进行严格的检查，根本发现不了在押人员的通信联络方法。还有时，他们往外提“犯人”准备作细菌试验的时候，各监号同时绝食，表示反抗。
这种反细菌试验的斗争并不是自发的。我们从对日本细菌战犯的审判材料里得知，在监狱里确实有有组织地进行反细菌试验的秘密活动。在押的牡丹江铁路员工孙朝山、木工吴宝兴、修理工王瑛，为反抗日本侵略者用人进行细菌试验，曾带领“难友”们进行绝食斗争。共产党员崔德恩在宪兵队刑讯室，不畏严刑拷打，严守党的机密，被送进七三一部队监狱。日本侵略者对他进行多次细菌试验，几次昏过去，醒来后继续坚持斗争，弄得日本侵略者毫无办法，只好把他秘密害死。他在壮烈牺牲前振臂高呼：“打倒日本帝国主义！”
一九四五年夏天，七三一部队感到末日来临，对被监押人员看管更严了，然而监狱里的反细菌试验的斗争也更加激烈了。我们的在押人员组织了一个坚强的战斗集体，为反抗日本侵略者的灭绝人性的罪恶活动，接二连三地进行斗争。是年八月的一个夜晚，监狱里酝酿着一场战斗。当日本看守来开牢门的时候，七十四号爱国志士带领难友们冲上去，抢下门栓把日本看守打翻在地。当难友们往外冲的时候，被日本卫兵发觉，机枪封锁了出路，难友们的鲜血染红了监狱。
被押人员的顽强斗争精神，使日本看守人员感到震惊。七三一部队特设监狱的一个看守人员，不久前对日本某著名作家讲了一个动人的真实故事。
那是一九四五年八月九日的事。S队员奉命进监狱里清理被杀害的尸体，以便准备炸毁监狱，消灭罪证。当他走近一个墙壁跟前时，一眼发现墙壁上有两条用鲜血写成的标语。一条是“打倒日本帝国主义”，一条是“中国共产党万岁”。字迹刚劲有力。他低头一看，脚下躺着一个已死去的中国人，仅剩下半截手指的手还滴着鲜血。他又看了看墙上的标语，突然明白了：这个中国人有意把手指掐断，一边用左手撸右胳膊的血，一边用右手断了的手指，把自己的意愿留在监狱的墙壁上。他情不自禁地暗想，这是一位多么刚毅的富有正义感的中国人啊！他被这位中国人的精神所感动，放弃了搬运尸体的“责任”，躲开这吃人的魔窟，。不幸的是被日本军官发现而撤了职。